Het monitoringsprotocol beschrijft hoe een bedrijf de jaarlijkse emissies bepaalt. Op basis van vastgestelde eisen kunnen bedrijven hun specifieke monitoringsprotocol ontwikkelen en indienen bij de Nederlandse Emissieautoriteit. Het monitoringsprotocol is de aanvraag van een emissievergunning. Deze vergunning is verplicht om per januari 2005 mee te kunnen doen met de emissiehandel.
De Nederlandse Emissieautoriteit controleert hoeveel stikstofoxiden en kooldioxiden bedrijven uitstoten en of bedrijven, die meer uitstoten, over voldoende extra emissierechten beschikken. De Nederlandse Emissieautoriteit kan boetes opleggen aan die bedrijven die meer uitstoten dan de emissierechten die ze hebben.
Emissiehandel is een nieuw instrument om de uitstoot van broeikasgassen en stikstofoxiden op een economisch voordelige manier terug te dringen. Emissiehandel biedt flexibiliteit en keuzevrijheid aan bedrijven. Een bedrijf kan zelf de afweging maken op welke wijze de reductie wordt gehaald: hetzij door maatregelen in eigen bedrijf, hetzij door de reducties in de vorm van emissierechten van een ander bedrijf te kopen.
Deze maand wordt de wettelijke regeling voor emissiehandel gepubliceerd in het Staatsblad. Op 28 september heeft de Eerste Kamer het wetsvoorstel voor CO2-emissiehandel aanvaard. Het wetsvoorstel voor NOx-emissiehandel is inmiddels naar de Tweede Kamer gestuurd. Nederland is gehouden aan internationale afspraken om de uitstoot van broeikasgassen en verzurende stoffen terug te dringen. Volgens het Kyoto protocol is Nederland verplicht om de uitstoot van broeikasgassen, waaronder kooldioxide, in de periode 2008-2012 met 6% terug te dringen ten opzichte van 1990. Volgens Europese afspraken mag in 2010 de grote industrie niet meer dan 55.000 ton stikstofoxiden uitstoten, terwijl de uitstoot nu nog 90.000 ton bedraagt.