De winnaar van de Herman Wijffels Innovatieprijs ontvangt Euro50.000. Met dit geld kan het prijswinnende plan worden verwezenlijkt of verder worden ontwikkeld. Naast de hoofdprijs zijn er nog drie geldprijzen te winnen van Euro37.500, Euro25.000 en een aanmoedigingsprijs van Euro10.000. Iedereen, dus ook studenten, die bezig is met het ontwikkelen van een innovatief product of innovatieve dienst kan zich tot 1 april 2008 aanmelden.
De jury beoordeelt op een viertal criteria: innovatief vermogen, maatschappelijk verantwoord ondernemen, klantfocus en rentabiliteitsverwachting. De nominaties worden in juli bekend gemaakt. In het najaar reikt Herman Wijffels zelf de prijs uit.
In 1999 nam Herman Wijffels afscheid als voorzitter van de toenmalige hoofddirectie van Rabobank Nederland. Ter gelegenheid daarvan is het Herman Wijffels Fonds opgericht. Het doel van het fonds is ‘het verlenen van financiële steun en eventueel andere vormen van ondersteuning aan initiatieven die het coöperatieve en maatschappelijk verantwoord ondernemerschap (MVO) bevorderen’. Sinds 2002 wordt de Herman Wijffels Innovatieprijs jaarlijks uitgereikt.