Het is voor de Nederlandse kenniseconomie van belang dat het MKB innoveert en dat liefst op duurzame wijze. Met de regeling wil het ministerie van Economische Zaken een grotere mate van kennisuitwisseling bereiken tussen MKB-ondernemingen en kennisinstellingen om innovatie te stimuleren. Een MKB-ondernemer kan een aanvraag indienen voor een kleine of een grote innovatievoucher. Een kleine innovatievoucher is maximaal 2.500 euro waard. Een grote innovatievoucher is maximaal 7.500 euro waard, waarbij een verplichte eigen bijdrage van 1/3e deel geldt. Bij een grote voucher wordt maximaal 5.000 euro aan subsidie uitbetaald.

Kennisoverdracht
Met een innovatievoucher kan een MKB-ondernemer alleen of samen met andere MKB-ondernemers een onderzoeksvraag uitzetten bij een aantal geselecteerde publieke of private kennisinstelling. De bedenkers van een energiebesparend systeem dat via zogeheten kanalen warmte transporteert, zagen zich bijvoorbeeld geconfronteerd met het probleem dat het lastig is te bepalen hoe de kanalen het beste gebouwd kunnen worden, in wat voor constructie en met welke materialen. Zij riepen de hulp in van onder meer TNO voor het uitvoeren van verkennend onderzoek en dat leidde tot een aantal mogelijke uitvoeringsvarianten. De uren van TNO werden betaald met een innovatievoucher.

Jatropha-boon
Een andere ondernemer die biobrandstoffen ontwikkelt, stuitte op het probleem dat de oliepersen voor het winnen van olie uit de – overigens niet-eetbare – Jatropha-boon niet echt efficiënt waren. Hij kreeg de tip gebruik te maken van een innovatievoucher om te laten onderzoeken hoe de persen geoptimaliseerd kunnen worden. De voucher ging uiteindelijk naar een promovendus Werktuigbouwkunde aan de Technische Universiteit Twente die een aantal experimenten uitvoerde om de huidige persmethoden te kunnen vergelijken met nieuwe technieken.

Octrooi
Behalve voor kennisoverdracht kan een innovatievoucher ook worden benut voor het aanvragen van een octrooi. Het gaat daarbij dan om een tegemoetkoming in de kosten van bijvoorbeeld het laten maken van tekeningen en vertalingen en het laten uitvoeren van nieuwheidsonderzoek door een octrooibureau